Anime đã kết thúc một năm trước khi manga phát hành tập 12, cũng là tập cuối của bộ truyện. Điều này đã gây ra một số điểm đối lập hoàn toàn cho hai loại tác phẩm, đặc biệt ở tập 7 manga và tập 12 loạt phim. Trong anime, kết quả sau trận chiến giữa Mariko và Lucy có sự thay đổi, khi mà cả Mariko lẫn Kurama cùng chết[36], và Lucy có khả năng vẫn còn sống ở tập cuối, tương ứng với một kết thúc mở.[37] Còn trong manga, Kurama vẫn còn sống và đã gây ra nhiều tình tiết ở những tập sau; Lucy thật sự chết ở tập cuối khi Kouta thực hiện lời hứa thời thơ ấu giữa họ, giết chết cô để cô không còn làm hại ai nữa.[38]

Một số nhân vật trong manga gần như bị bỏ quên trong anime hoặc ngược lại, như Nozomi hay Kakuzawa Anna và một số người khác. Ngoài ra, hộp nhạc chơi giai điệu «Lily» là một chi tiết độc đáo của anime mà không hề xuất hiện trong manga, và bài thơ Elfen Lied được xem như là nguồn gốc của tựa đề tác phẩm chỉ được nhắc đến trong manga.

So với manga, anime ít tiếp cận đến chiều sâu các vấn đề về diclonius. Virút diclonius được giải thích kém chi tiết hơn qua sự giải thích của giáo sư Kakazawa về tình trạng nửa diclonius và mối quan hệ giữa dòng họ của giáo sư với Lucy, trong đó bao gồm đoạn ông bộc lộ dã tâm của mình là dùng diclonius để thống trị thế giới thay thế con người.[39][40]

Theo miêu tả về diclonius nữ trong anime, tất cả họ đều có mắt và tóc một màu hồng đồng nhất; còn ở manga, Lucy có mái tóc màu hồng, Mariko màu hồng nhạt ánh vàng và Nana màu tím thẫm.[41] Ngoài ra, những nhân vật diclonius trong anime có vẻ như bị giới hạn về số lượng cũng như giới hạn vector mà điều đó không hề có trong manga.[42]